对于备受关注和猜测的跨行转账费用，也在超级网银上线后几日尘埃落定。目前绝大多数银行的超级网银跨转费用基本等同于其普通网银转账费用，仅有少数银行某些费用有所提高。
目前中国银行、工商银行、建设银行、交通银行等行，超级网银跨转费用与其普通网银持平，没有变化。而中信银行和民生银行 客服人员表示，现阶段使用该行的系统登录超级网银进行同城跨行转账，不收取任何费用。如果使用本行系统进行同城跨行转账，却会收取一定的费用。
相比之下，招商银行和兴业银行在某些业务上收费则有所提高。
招商银行客服人员表示，用招行的超级网银进行跨转时，无论同城还是异地，手续费均按每笔转账金额的0.6%收取，最低5元，最高50元，这项费用与招行普通网银的异地跨行转账费用相同，而其普通网银同城跨行转账是每笔2元。所以用招行超级网银进行同城跨转的收费则高于其普通网银。不过招商银行金葵花客户依然保留了跨转免费的优惠，金葵花客户在使用超级网银跨转时依然不收取手续费。
兴业银行的客服人员则表示，如果在兴业银行使用超级网银进行同城跨行转账，1万元以下(含)每笔收取5.5元，1万元至5万元(含)转账每笔收取10.5元，虽然这一费用与多数银行相同，但是使用该行网银进行同城跨行转账则是免费的。
除了跨转收费问题以外，超级网银的安全问题也成为被关注的焦点。
“超级网银”一经推出必将扩大在线交易的市场规模，随之而来是，伴随“超级网银”衍生出的交易安全风险级别也陡然提高。与之前的普通网银相比，一旦超级网银用户受到木马病毒袭击，继而泄露账号、密码、甚至口令卡、U盾等安全信息被破解，那么用户失去的将不仅仅是一家银行的存款。
而且目前，如果想要开通多家银行的超级网银，除了要经过复杂认证手续外，还需要在每家银行都办理U盾等“安全钥匙”，如果开通10家银行的超级网银，就意味着用户要持有10个U盾，作为硬件的U盾本身遗失风险也在提高。
采访中，多家安全软件开发方都对记者表示，他们正在开发升级自己的产品，卡巴斯基正在完善其软件产品“安全部队”，这款软件是为彻底解除在线交易隐患而专门研发的产品。
